20년 전 외계인의 침공을 겪은 이후 전세계는 하나로 단결하여 재건을 도모했고, 외계 기술의 융합으로 눈부신 발전을 이루었다. 그런데 승전 20주년 기념 행사가 진행되는 동안 외계인이 다시 침략하여 압도적으로 진화한 전투 태세로 지구 정복에 나선다. 외계인들의 공격으로 세계가 초토화되는 가운데, 토마스 휘트모어(빌 풀먼) 전 대통령은 네바다 주의 51구역에서 목숨을 걸고 외계인 포로와 접촉한 끝에 여왕의 존재에 대해 알게 된다. 외계인 여왕은 지구의 핵을 파내어 지구상의 모든 생명체를 멸종시키기 위해 침략을 감행한 것이다. 이에 우주방어사령부는 외계인 여왕을 죽이기 위한 작전을 감행한다. 하지만 전쟁 영웅 스티븐 휠러의 양아들인 딜런 대위(제시 어셔)와 제이크 모리슨 중위(리암 헴스워스)는 작전 수행 중 여왕의 미끼에 걸려들고 마는데