제약회사에서 치매 치료제를 연구 중인 과학자 윌 로드만(제임스 프랭코)는 치매에 걸린 아버지 때문에 인간의 손상된 뇌기능을 회복시켜 주는 약품 개발에 더욱 몰두한다. 그런데 투자자들에게 신약의 효능을 설명하는 자리에서 실험용 침팬지가 난동을 부려 사살 당하는 사건이 발생한다. 윌은 죽임을 당한 침팬지에게서 태어난 시저(앤디 서키스)를 몰래 데려와 키우기 시작한다. 신약의 효능을 유전적으로 물려받아 지능이 높아진 시저는, 어느 날 시비에 말려든 윌의 아버지를 보호하려다가 이웃집 남자에게 상해를 입힌 뒤 유인원 보호시설로 보내진다. 인간의 지능을 지녔지만 인간과는 다르다는 사실에 괴로워하던 시저는 보호시설에서 인간에게 학대를 당하면서 점점 각성을 하게 되는데...