할아버지의 죽음의 단서를 쫓던 ''제이크'' 는 시간의 문을 통과해 놀라운 비밀과 마주한다. 시간을 조정하는 능력을 가진 ''미스 페레그린'' 과 그녀의 보호아래 무한 반복되는 하루를 사는 ''특별한 능력의 아이들'', 그리고 그들을 사냥하는 보이지 않는 무서운 적 ''할로게스트'' . 미스 페레그린과 제이크를 비롯한 아이들은 살아남기 위해 ''할로게스트'' 에 맞서야 한다.