13세가 된 ''해리 포터(다니엘 래드클래프)''는 아버지의 험담을 하는 이모부의 누이 마지 아줌마를 거대한 괴물 풍선으로 만들어 버리고 만다. 일반 세상에서 마법 사용이 금지되어 있는 법을 어긴 해리는 마법부의 징계가 두려워 도망을 치다가 만나게 된 마법부 장관은 ''시리우스 블랙''(게리 올드만)이 아즈카반의 감옥을 탈출해 해리를 찾고 있다는 소식을 전한다. 시리우스 블랙은 어둠의 마왕인 볼드모트 경을 해리의 부모님에게 이끌어 죽음으로 몰고 간 당사자. 설상가상으로 영혼을 빨아들이는 아즈카반의 무시무시한 간수 ''디멘터''가 호그와트에 머물며 해리를 위협한다. 그러나 새로 부임한 어둠의 마법 방어술 교수 ''루핀''(데이빗 튤리스)이 가르쳐준 ''패트로누스'' 마법으로 해리는 디멘터에게 대적할 힘을 얻는다. 시리우스 블랙과의 불가피한 대결은 다가오고, 해리는 자신과 시리우스 블랙 사이에 얽혀있는 엄청난 비밀을 직면하게 되는데….