에이전트 47(루퍼트 프렌드)은 리트벤코 박사의 에이전트 프로그램에 의해 탄생한 최고의 암살자이다. 리트벤코 박사는 유전자 조작을 통해 인간의 정신과 감정은 제거되고 육체적 능력과 지능이 극대화된 완벽한 살인병기 ''에이전트''를 만드는데 성공했지만, 양심의 가책을 느끼고 종적을 감췄다. 정부는 기밀 유출을 우려해 프로그램을 폐기했고, 살아남은 에이전트들은 자취없이 사라졌다. 그런데 한 기업이 에이전트 프로그램을 재개하기로 결정하고, 박사의 행방을 찾기 위해 신디케이트 인터내셔널의 존 스미스(재커리 퀸토)로 하여금 그의 딸 카티아(한나 웨어)를 추적하도록 한다. 이러한 움직임을 감지한 에이전트 47도 카티아를 찾아나선다. 본능적으로 위기를 감지한 카티아는 도망치던 중 존 스미스를 만나고, 미국 대사관 앞에서 총을 쏴 체포되면서 에이전트 47을 따돌리는데...