2년 전, 어벤져스의 뉴욕 사건 이후, 닉 퓨리, 블랙 위도우와 함께 쉴드의 멤버로서 현대 생활에 적응해 살아가는 캡틴 아메리카. 70년 만에 냉동상태에서 케어난 캡틴은 시간을 되돌리지 않는 한 여자친구인 페기 카터와 동료들이 있는 곳으로 돌아갈 수가 없다. 캡틴 아메리카는 미군에서 쉴드로 소속을 옮기고 자신이 옳다고 생각하는 정의를 위해서 싸운다. 캡틴과 함께 워싱턴의 쉴드 본부로 돌아온 닉 퓨리, 블랙 위도우는 이 세계에 적응하는 그를 돕는다. 그러나 "더 나은 세계를 만들기 위해서는 희생이 필요하다"는 취지로 통제권을 갖는 쉴드의 방침에 의문을 품는 캡틴을 설득하는데 어려움을 겪는다. 특히, 닉 퓨리는 쉴드를 노리는 자들의 타겟이 되어 치명적인 중상을 입는다. 블랙 위도우 역시 쉴드를 둘러싼 음모가 도사리고 있는 가운데 비밀스러운 행보를 거듭해 캡틴의 혼란을 가중시킨다. 게다가 닉 퓨리가 가장 신뢰하는 쉴드의 고위 간부 알렉산더 피어스는 은밀하게 쉴드 내부를 움직이기 시작하는데…