인류의 유전자 기술이 발전을 거듭한 결과 초인간적인 능력을 가진 돌연변이들이 생겨난다. 찰스 사비에 박사는 이런 돌연변이들을 모아 인류사회에 적응시키고 인간을 위해 일할 수 있도록 교육기관을 설립해 그들을 훈련시킨다. 하지만 상원의원 로버트 켈리를 중심으로 한 인간들은 돌연변이들의 위험성을 폭로하며 그들의 신원을 등록시켜 통제하는 법안을 통과시키려고 한다. 이에 격분한 매그니토가 켈리 의원을 납치하고 UN 회담현장에서 세계 정상들을 인위적 돌연변이로 만들려는 계획의 첫 단계를 시작하자, 사비에가 이끄는 엑스맨들은 매그니토의 음모를 저지하고자 하는데...