토마스(딜런 오브라이언)는 모든 기억이 삭제된 채 거대한 미로로 둘러싸인 낯선 공간으로 보내진다. 그곳에서 토마스는 자신과 같은 상황의 소년들을 만난다. 한 달에 한 명씩 엘리베이터 속 박스에 담겨 온 이들은 자신의 이름 외에는 아무것도 기억하지 못한 채 ''글레이드''라고 부르는 곳에서 살아왔다. 정해진 시간에 문이 열리면 민호(이기홍)를 비롯한 ''러너''들은 3년 동안 미로 안을 탐색하며 탈출구를 알려줄 지도를 만들어왔다. 그렇지만 미로는 매일 밤 구조가 바뀌는 데다가 미로 안에는 ''그리버''라고 불리는 잔인한 괴물이 살고 있어 탈출 계획은 지지부진했다. 그러던 어느 날, 토마스가 미로에 들어가서 그리버를 죽이고 돌아온다. 뉴트(토마스 브로디-생스터)와 민호는 무모하리만큼 용감한 토마스에게 러너를 시키자고 제안하지만, 갤리(윌 폴터)는 신참인 토마스가 룰을 어기고 미로에 들어갔다면서 맹렬히 비난한다. 그런 와중에 유일한 여자인 트리사(카야 스코델라리오)가 도착한다. 이에 토마스 일행은 트리사가 해답을 갖고 있으리라고 기대하는데...