구 소련의 강경파 군부 지도자 라첸코는 러시아에서 발생한 내전을 틈타 핵 미사일 기지를 포함하여 군 통수권 일부를 장악한 뒤 제3차 세계대전 시나리오를 계획한다. 미 국방성은 라첸코의 계획을 저지하기 위해서 램지 함장의 지휘 하에 핵 잠수함 알라바마호를 러시아의 핵 미사일 기지 근해로 접근 시킨다. 알라바마호는 본국으로부터 핵 미사일의 발사에 대한 단계적인 명령을 지시 받으며 차근차근 임무를 수행한다. 그러나, 최종 발사명령을 남겨두고 통신 장비의 고장 사태가 발생한다. 램지 함장은 직권으로 핵 미사일 발사를 명령하지만 부함장 헌터가 함장과 부함장이 동시에 동의해야만 핵 미사일을 발사할 수 있다는 규정을 들어 명령을 거부한다. 이 항명 사건으로 램지 함장은 지휘권을 박탈 당하고 자신의 숙소에 감금된다. 잠수함은 부함장 헌터의 지휘를 받으며 항해하는 가운데 러시아 잠수함으로부터 발사된 어뢰에 맞아 동체 일부가 파괴되면서 심해로 가라앉기 시작하는데...