무차별적인 자원 개발로 멸망 위기에 처한 크립톤 행성. 행성 최고의 과학자 조엘(러셀 크로우)은 갓 태어난 아들 칼엘(헨리 카빌)을 지키기 위해 크립톤 행성의 꿈과 희망을 담아 지구로 보낸다. 자신의 존재를 모른 채 지구에서 클락이라는 이름으로 자란 칼엘은 남들과 다른 능력 때문에 주변 사람들로부터 거부를 당하고, 아버지(케빈 코스트너)로부터 우주에서 온 자신의 비밀을 듣게 되면서 혼란에 빠진다.한편, 크립톤 행성의 반란군 조드 장군(마이클 섀넌)은 파괴된 행성을 다시 재건할 수 있는 모든 유전자 정보가 담긴 코덱스가 칼엘에게 있다는 것을 알고 그를 찾아 부하들을 이끌고 지구에 온다. 이제 칼엘은 자신을 거부하던 사람들이 사는 지구의 존폐를 두고 최강의 적 조드 장군과 피할 수 없는 운명의 전쟁을 시작하는데…