제주특별자치도의 행정시인 제주시는 본도 북부 중앙에 위치하고 있으며 남쪽은 한라산 정상을 사이에 두고 행정시인 서귀포시와 접하고 있다.

지세는 한라산 북사면이 단계적으로 낮아지는 모양이며, 한반도와 마주 대하는 한라산북사면의 중앙부에 위치한 지역으로 항공과 해운을 연결하여 제주의 관문 역할을 하고 있다. 목포와의 거리는 96마일(추자면과 목포와의 거리 63마일)이며, 부산과는 169마일이 떨어져있으며, 서쪽으로 동지나해에 면하고 있으며 동쪽으로는 일본의 대마도와 150마일 떨어진 위치에 있다. 도서로서는 본토와의 중간에 추자군도가 있으며 이것은 본토 해남반도의 연장이고 그외 부속도서로서는 동쪽의 우도, 서쪽의 비양도 등이 있는데 모두 화산도이다.