제주4·3특별법에 따른 '제주4·3사건진상조사보고서' 가 확정됨에 따라 제주 4·3항쟁에 대한 공식역사는 바뀌기 시작했다. 그동안의 공산폭동론에서 ‘국가공권력에 의한 인권유린’으로 대체되고 있는 것이다.
4·3특별법과 보고서는 그동안 금기시되었던 4·3의 잔혹상을 공식화시켜냄으로써, 인권유린의 과거사를 청산하는 선구적인 사례로서 한국현대사에 한 획을 긋고 있다. 또한 진상규명운동 세력의 오랜 기간에 걸친 투쟁의 성과물이기 때문에 그 자체로서도 의미가 깊다고 할 수 있다.
특별법은 한편으로는 정부와의 타협물이기 때문에 특별법에 근거해 작성된 보고서는 기본적으로 민간인 희생이라는 관점에서 4·3의 진상을 서술했다. 이에 따라 4·3의 또 다른 측면, 즉 항쟁의 역사는 배제될 수밖에 없었다. 그러나 당시 제주도민은 결과론적인 피해의 당사자이기에 앞서, 단독선거를 저지함으로써 통일독립국가 술비의 의지를 보여준 항쟁의 당당한 주체들이었다. 제주 4·3항쟁에 대한 진상규명과 명예회복의 목적에 더욱 다가서기 위해서는 항쟁의 역사가 보완되어야 했고, 이와 같은 문제의식을 토대로 다음과 같은 내용을 살펴보았다.

1장에서는 4·3항쟁의 배경과 원인의 前史로서 8·15 직후의 제주도 상황과 인민위원회 활동 그리고 4·3의 도화선이 된 1947년 3·1사건 및 3·10총파업과 이에 대한 미군정의 대응을 살펴보았다. 1980년대 이후 소장학자들의 연구에서조차 제주민중을 주체로 내세우면서도, 제주도민과 더불어 항쟁의 주도세력이었던 남로당 제주도당에 대한 언급은 하지 않고 있다. 제주도민과 당의 관계를 주체세력과 지도세력으로 이원적 구분만을 함으로써 당과 민중의 연관관계는 포착하지 못하고 있다. 당시 제주도민들의 요구와 지향점을 당의 활동과는 별개의 것으로 취급하면서 제주지역 공동체의 삶 속에서만 찾고 있는 것이다. 따라서 이 장에서는 항쟁의 주체세력인 남로당과 제주도민의 연대가 이루어진 과정을 인민위원회 활동과 미군정·우익청년단의 공세를 극복하는 과정에 초점을 두어 분석하였다.

2장에서는 남로당과 제주도민의 연대를 통해서 항쟁 과정을 살펴보고자 한다. 우선 남로당 제주도당이 항쟁과정에서 어떠한 역할을 수행했는가를 무장투쟁전술과 제주도민과의 관계 속에서 살펴볼 것이다. 제주도당은 미군과 우익 세력의 탄압과 단독선거를 저지하기 위한 대응으로 무장투쟁전술을 채택했고, 1948년 4월 3일 무장봉기를 일으켰다. 제주도당의 결정은 일반 제주도민의 지지투쟁과 결합하면서 정당성을 획득할 수 있었다.

3장에서는 초토화 진압작전으로 대응한 미군정과 이승만 정권의 시각과 민간인 학살 과정을 서술할 것이다. 4·3학살의 공동 주역은 미군정과 이승만 정권이었다. 항쟁 발발 이후 군경토벌대의 초토화 작전은 1948년 10월 하순부터 1949년 3월에 집중되었다. 집단학살로 많은 민간인이 희생된 것도 이 시기이다. 이승만 정권의 빨갱이 논리는 항쟁 진압의 빌미를 제공한 동시에 취약한 정권의 위기 탈출구로 이용되었다. 제주도민에 대한 탄압은 한국전쟁 발발 이후 예비검속자에 대한 학살로 이어졌다. 하지만 미군 또한 정부 수립 후에도 군사고문단을 통해 4·3의 진압과정에 관여했다. 여기에서는 군경토벌대로 대변되는 미군정과 이승만정권의 4·3항쟁에 대한 인식과 진압과정을 분석하였다.

4장에서는 제주4·3항쟁의 망각과 기억투쟁에 관해 서술할 것이다. 학살 경험은 일반 제주도민의 피해의식을 가중시켜 레드콤플렉스를 내면화시켰다. 고립된 섬에서 제주도민은 빨갱이 논리 속에 학살당했다. 학살은 항쟁의 의미를 넘어설 정도로 제주도민에게 수난의 상처였다. 이 과정에서 항쟁은 망각되어 갔다. 이 장에서는 1980년대 민주화투쟁과 더불어 본격적으로 일어난 진상규명운동, 즉 4·3기억투쟁에 관해 살펴보고자 한다. 현재의 4·3진상규명운동의 내용과 한계를 지적하기 위해서 제주4·3특별법과 진상조사보고서를 주요 대상으로 삼을 것이다. 이를 통해 현재의 4·3기억투쟁에서 배제된 기억들을 서술하였다.